의료계에선 중입자 치료가 암세포를 정확히, 강하게 파괴하는 기술적 장점이 있다는 점은 인정하고 있다. 다만 다른 암 치료법과 비교해 더 우수한 치료법인지에 대해선 이론(異論)이 있다. 동일한 환자군을 둘로 나눠 한쪽은 중입자 치료를 하고 다른 한쪽은 다른 치료를 해서 환자의 생존율과 부작용을 비교한 임상 연구 사례가 존재하지 않는다는 것이다.

과거 일본에서 중입자 치료와 양성자 치료의 효과를 비교하는 임상 연구를 시도했다가 실패한 것으로 알려져 있다. 연구를 위해선 환자를 양쪽 치료에 배정해야 했는데, 상당수 환자가 중입자 치료만 받겠다고 했다는 것이다. 서울 소재 대학 병원의 방사선종양학과 교수는 “중입자 치료는 비용이 많이 들어 임상 연구를 하려면 최소 100억원 이상이 필요할 것”이라며 “임상 참여 환자가 특정 치료를 받도록 강제하기도 어려워, 앞으로도 다른 치료법과 효과를 비교하는 임상 시험은 쉽지 않을 것”이라고 했다.